神兽互相征伐，世间危在旦夕，而弱小的妖族都沦为神兽战争的奴隶。羲皇因与祖龙交好，亲自现身助祖龙与元凤对敌，并进攻始麒麟，而娲皇不忍子民遭此屠戮，遂带领追随的族人展开迁徙，经杨眉仙人指引，在东方洪荒之地拜入鸿钧道祖门下。
此时麒麟族遭劫，因不敌飞天之元凤、遁海之祖龙，几乎覆灭。始麒麟遣二子玉麒麟、墨麒麟领麒麟脉诸神兽合抗龙凤围攻，却势单力孤而终被抓获，始麒麟以为子丧，痛心难战，从此麒麟势衰。鸿钧门下老子、元始、通天三清前来解围，共救玉麒麟、墨麒麟，元始收九龙，制沉香辇。之后有元始门下黄龙真人游说祖龙，使祖龙不攻麒麟，却仍受世间杀气影响，转而讨伐元凤。
元凤势大，统领世间羽类，祖龙难攻。有妖族修士鲲鹏，与罗睺魔祖相勾结，助元凤迎祖龙于太阳星，群羽围攻使其终于殒命，元凤大胜。鲲鹏又将羲皇败兵追至西洪荒之地，使他引罗睺魔祖出关。于是魔道出世、群魔乱舞，罗睺从须弥山正式东进，搅乱洪荒，肆行欲孽，无数神兽、妖族殒命于魔道之下。龙汉初劫降临，洪荒大地尽为血海，怨气冲霄，杀伐无穷。
魔道出关后，元凤由于不敌罗睺，被迫退入火山，而太阳星内的三足金乌太一、羲和则受鸿钧座下三弟子通天之助，降服与罗睺相勾结的鲲鹏，并以三足金乌的高贵血脉自称至尊，重聚四散奔逃的羽妖，欲以一己之力抵御魔道。通天则引太一、羲和拜入鸿钧门下，诸仙纷纷前来共助二妖。鲲鹏自称痛改前非，又因与太一、羲和皆为羽类，又有好友红云道人相保，终于苟活。
太一兄长帝俊，一心隐于太阳星内修行，心高气傲，以羽族之帝自居，而修为也早已超越太一、羲和，却是以太阳星内至尊之身，命中注定便为妖皇。后太一、羲和被四魔尊重伤，帝俊才被迫下离太阳星，一战大破魔尊，令诸仙瞠目，在场羽妖亦无不拜服。之后帝俊受娲皇、羲皇所命，自称妖皇，汇合天下妖族，摆脱龙、凤、麒麟三神兽族束缚，自立族类，会师伐兽讨魔，势如破竹。后妖有诗赞这妖皇帝俊：
太宇神荒荡日月，天地仙灵争独夫。
玄黄丧道今昔论，命数惟归圣金乌。
千载不羁争龙汉，万古烽烟山海苏。
气盖六合牧星斗，勾勒八极妖皇书。
此时龙凤麒麟三族皆已衰落，而向帝俊授首服拜，不再立族。帝俊便带领妖族继续讨魔，全不用诸仙相助，终于帝都山定都。期间历经多地，见龙、凤、麒麟外其他诸多神兽族类，皆已被魔祖灭绝殆尽，杀气却丝毫不减。娲皇与巫族祖巫后土交好，遂使部分巫族现身于地界，与妖族联军共征。
只要罗睺魔道一日不除，杀气就一日不消，世间战事就永无止境。洪荒纷乱，众生向往秩序，诸多先天大能之中，唯独鸿钧道祖最受众生瞻仰。鸿钧首述道德，阐天道，截生机，传教化，早已超脱玄黄，且是境界与罗睺不相上下的混元大罗金仙。
正于此时，鸿钧道祖率领诸位门人，共赴西方洪荒世界的祖脉——须弥山，会战罗睺魔教，以直接终结龙汉初劫。鸿钧一心庇护苍生，“损有余而补不足”，欲以大功德证为混元圣人。道祖先与罗睺阵中单独对峙，却空有无数先天灵宝，而不能伤罗睺分寸，反受罗睺门下群魔乱舞，恶语凌人之欺。小弟子太一不服，擅取了乾坤教祖的至宝混沌钟，镇压诛仙阵，尽除罗睺座下魔尊，唯独罗睺小弟子无天重伤逃走，但诛仙阵有罗睺大修为庇护，并无丝毫损伤。魔障破除，道祖遂感天道垂怜，愿以身化为天道之显化，召集诸多先天大能，再破诛仙剑阵。