在鲲鹏被冥河击败之时，南华真人打开梦境，将万妖之师的一丝魂魄引入其中，从此鲲鹏永远以一魂一魄的形态存在于挚友庄周的迷梦当中。妖师鲲鹏就此陨落，有诗曰：
扶摇九天揽明月，万妖至师尊北冥。
千里冰封印河洛，自隐偏隅暂安宁。
寿华不死因果计，天柜致祸娲皇行。
无边血污沾羽翅，幻想逍遥游太平。
鲲鹏之仇已除，冥河知世间佛国还有雪域、暹罗二座，便命蒙兀天汗挥师杀进珠峰，将雪域之上人尽屠戮，直至白骨堆积如山，鲜血结冰成川。冥河灭掉雪域佛国，而蒙兀天汗好战，试图继续南下侵入天毒幽冥教之地，被冥河喝止。
蒙兀族大军又杀向西海，此时女娲被鲲鹏临终举动所感化，命妖教新十大妖圣在极西之地抵御蒙兀进军，尽力护佑生黎。但冥河的意图本就不是清剿此处部落，而是用计从覆海大圣手中夺得至宝混沌钟——此物曾为东皇太一所有——亦是二清所图。元始天尊遂派人教东方朔去取混沌钟，冥河因道教先前在冥界相助，自己又驾驭不了至宝混沌钟，便将此物交给东方朔，却结下与妖族的因果。
东方朔持混沌钟向地仙界而来，却因北海有桃香四溢，便又前去偷桃，后又饮了杜康之酒，醉倒在北冥中，混沌钟也被分水之主申公豹骗了去，申公豹将混沌钟带至金鳌岛，转交给通天教主。通天此时正与二清在碧游宫小酌，知此是二清与自己合好之计，欣然接受，遂以混沌钟作立教之本，重立截教，破了孔圣截儒合一念想，同时也使玄门三清集齐，共讨第一大敌佛教。
时儒教亦然兴于东瀛，孔圣常在东瀛讲道，朱子天理之学也是瀛土“显学”。中原宋朝时，帝王多拜玄门神霄，以延国祚，却被北境蛮夷侵袭，始终偏安一隅，中原人气运降到最低。玄门遣诸仙、诸神下凡，欲助大宋化险为夷，却始终无果，北境蛮夷气焰旺盛，绝难匹敌，反因拜了儒教而逐渐入主中原。
玄门高傲，是以教门不传于诸夷，佛门也因幽冥教灭法而面临危机，传教渐缓。蛮夷得儒教教化，尊奉孔圣，并以和氏璧镇稳龙基，反倒真正作了中原正统，为中原天子，使得偏安的宋廷向其臣服。
至此，儒教已真正同中原气运息息相关。诸天六圣皆大惊，后悔先前不将孔圣放在眼里，皆想利用开皇大劫将儒教彻底扼杀。有诗曰：
儒教兴东瀛，
偏安宋降灵。
戎狄蛮夷境，
入主中原庭。
天道更将此事视为儒教被天理所控制的明证。以为洪荒已被天理搅乱，已不再依照自己的意志运转。天道惧怕此间世界中存居的万物生灵将再如混沌初开时那般挑拨洪荒纷争，甚至直接违抗天命、以杀证道。而孔圣的儒教，正是引导这番景象的天理的代表。
第十七节【二劫合流，赤明开皇】
天道不仅使开皇大劫直接降临，又用自己的意志镇压洪荒法脉，使得诸界灵气薄弱，凋零一片，是为“赤明大劫”。天道试图用赤明、开皇二劫，彻底重塑洪荒世界格局，改换人间主角，并再立仙班。
二劫合流，同时显现。天道鸿钧召七圣集聚紫霄宫，开显劫会，共商劫后灰土。此为一商。是以天命既定二劫合流后必有四教三商。
显劫会中，佛道二教五圣皆怨恨孔子，女娲虽曾与孔子共事，也因与准提、接引交好而左右为难。而鸿钧则于此时开口，布明命镇压天理，天理永不得外现，女娲遂与五圣站到一边。六圣孤立孔子，有天道相助，合力打压儒教，孔子愤而离开紫霄宫，与儒教退出四教大会。
驱逐孔圣后，三清本欲乘机借天道之语打击佛门，不料准提菩萨抢先开口，向鸿钧列举幽冥教冥河老祖得三清扶立后之所作所为，并揭露其与儒教联合之事实。三清大惊，不知冥河暗通儒教，忙向鸿钧请罪，老子请师弟通天下界戴罪立功，除灭冥河。
而孔子离开紫霄宫后，便前往东瀛讲学。是以中原纷乱苦难，东瀛不仅仙气氤氲，岛人根行奇佳，又因有旧友伊奘诺尊相助，共同开讲。孔子遂在东瀛开辟神社。
而冥河却对天降大难浑然不知。冥河不知天命，仍以为自己正代天道行开皇大劫，他使蒙兀天汗晓儒教之法，欲扶孔圣代替魔尊大黑天主神之位。却不知蒙兀群巫早在征讨雪域时就有无数人皈依佛门，接引又乘机直面大黑天，将其点化为佛门大护法。蒙兀在雪域之众渐渐不满幽冥教，有叛逆之意。
冥河老祖最终聚集起蒙兀诸部，由天汗的八个儿子分别统领，号称“群凶”，分别拜幽冥教一位魔罗为师。天汗一声令下，群凶便袭向中原。冥河则前往雪域珠峰，亲自做法欲崩毁桑耶寺，欲使无天元神重现。
此时，通天教主领无当圣母、金箍仙君等人突袭六道轮回，将其从冥河之手解脱，并将地府中恶鬼、邪煞、诸教转世轮回者一并纳入截教，立一佛僧为转轮王，统领十殿阎罗，与酆都大帝并立。然后入幽冥血海，以混沌钟镇压，将它变为死海一片，阿修罗一族或死或降，绝无逃生可能。
冥河老祖得知，慌忙赶回血海，却在经过忘川河时，遇见那彼界花主，是先前自己为对付后土所作。今日却因血海被通天用混沌钟死死镇住，神通无法使用，反而自作孽，被彼界花主困于地府之外。通天则迎祖巫后土现身，后土用戌已土抽干血海，纵法将其中一切物体皆尽吸入腹中，以除世间堆积于此之污秽。地藏王菩萨也用七义之法度化了彼界花主，为冥界除一大患，又将冥河老祖放出。道教通天、佛教地藏、巫族后土遂携力灭破冥河，以冥河之体炼出血涟盘，作为后土法宝。有诗曰：
彼界花开制冥府，斯教修罗魔无边。
元屠脱鞘斩因果，阿鼻出锋断大千。
血海翻腾积污秽，七义普渡众生冤。
业火焚尽红莲灭，空余戌已炼涟盘。
魔罗幽冥教也同幽冥血海以及教主冥河一同破灭，化为乌有。地藏王菩萨度化剩余的阿修罗魔子皈依大乘，自称为新幽冥教主。此幽冥教实已是佛门下属。
赤明大劫，洪荒法脉被天道所镇压，因此诸界灵气不显，修为、功德散落。而后土本就因先前身化六道轮回庇护诸界灵魂而得大功德，几乎成圣。今又净化冥界，为天道除违逆之人，遂成第一位巫族圣人。得三清指引入紫霄宫拜谒鸿钧。有诗赞这第一巫圣曰：看書溂
皇天后土威，
祖巫庇魂辉。
超脱轮回罪，
护我旧族归。
冥河老祖却也就此丧命，堕入轮回中转世重修。冥河自以为与三清联合、替天行道，将得天道垂青，到头来只作了通天嫁衣，并成就了冥界后土圣人。终究是三清一颗棋子。冥河之死，也是因其先前杀业太重，自食恶果。
而人间界的蒙兀巫族诸部，也早已背离幽冥教，在中原北境止步不前。早在冥河仍在雪域灭佛之时，玄门全真教仙人丘处机便得玉清明命，独自赴往海外巫族大营，与天汗相见，使天汗知晓天命，反冥河自立，遂不再侵袭中原。是为丘处机一言止杀。
冥河已灭，四教遂又大会于紫霄宫，是为四教二商。儒教圣人孔夫子仍旧缺席，而有巫族圣人后土补之，故仍为四教。此时玄门气数已有回升，而佛教仍深陷此前冥河做难，继续休养生息。三清之中，通天教主与佛教芥蒂最深，老子遂请通天向鸿钧列举佛教不尊道德之举，斥佛教为外道，言下欲使天道戬灭之。准提菩萨则以厉口反驳，力争佛门天毒等国正统之位，以与通天教主争辩。
佛道论战时，鸿钧老祖一言不发，只紧盯新圣后土。太清圣人老子知天道之意，遂也不再与佛门争辩。元始天尊却一心阐明玄门独尊地位，起身与师弟共敌准提，接引也开口参与争辩。
女娲亦知天道之意，向天道鸿钧推举后土下界，继续执行开皇大劫。这正中了天道下怀。天道鸿钧撇开佛道二教，使后土为下界巫族圣母，命其继续统领蒙兀，一统混舆全图。因二劫合流，修为散乱，诸天修士多法术失灵，而这也使巫族之炼体异术无与伦比。天道要保巫族清洗诸界。
至此，四教共两商，最终佛道二位大教却无甚好处，万事决于天道。元始天尊首次对天道有了不满。
第十八节【真武转世，再起封神】
数朝之前，准提道人有意与玉皇大帝、王母娘娘交好，以能在开皇大劫中稳操胜券。便从妖教陆压道人处得一厌火三珠宝树，赠予瑶池。却不知此树乃是女娲圣人镇伏凶兽犼之物，树根深入地下，以锁犼之精魂。其时佛教鼎盛，天庭卫戍大半为佛教门人，如李靖、哪吒、四天王等，皆皈小乘。
如今宝树移进瑶池琼洲，却也复苏了犼之精魄。犼借助厌火三珠树渐渐重塑肉身，并吸收瑶池灵气，长成一魔物名叫将臣，大闹于瑶池之中，无人可降服。诸圣刚经四教二商，皆未出手，以致天庭几乎覆没，玉帝王母双双身殒，堕入轮回。
天道鸿钧遂议定二次封神之法，重立天庭神位，改换天帝，而将一切旧神剥夺神位，贬出天庭。此时还未到四教第三商所定时期，诸圣已纷纷前往紫霄宫，议二封神之事。天道又以教化无方为名，命人教火云宫三皇退位，又立一元祖巫皇之位，使蒙兀天汗得作。诸圣哗然，独有女娲知天道有意更换天地主角，但绝非蒙兀巫族。蒙兀巫族毕竟有所混血，灵智已通，而纯血巫族无元神灵智，故身内也不存天理。而天道便以蒙兀为器，清洗诸界生灵，立一谨遵天道教诲之族类作天地主角。
将臣祸乱天庭，被四象驱逐到下界，以吸食生命血肉为生。玉帝、王母临凡后，各因前世之尊贵修为，一在武当山修成真武大帝，一在南海湄洲修成妈祖圣母。
真武大帝在下界降妖除魔，收伏龟蛇二妖，财神赵公明、雷田二将、火王马天君、五雷五音等诸天将。旧时在天庭诸将皆归账下，自称荡魔兵，为大宋征讨鞑靼，尊为上神，生民皆行香武当，建造金殿。有诗曰：
真武荡魔妖，
龟蛇旧臣交。
北征荒漠道，
行香苦厄消。
妈祖圣母则因窥水井而得道，成为踏浪海神，帆髻示志，遍读神书。于南荒之境祈雨祛病、种药救人、化木护舟、擒鬼降妖、妙计解厄。妈祖追水妖踪迹，直面将臣，又经玉清元始天尊相引，与真武大帝汇合，共除天庭陷落之凶。有诗道妈祖圣母曰：
踏浪沧海神，
帆髻映波纹。
护舟旗幡震，
天后陷将臣。
王母玉帝转世二神遂尊元始为师，元始点拨其回忆前世。原来元始故意不在将臣乱天庭时出手，以使旧仙班全部堕入轮回，能在凡间重聚天庭人马，再图复原。真武大帝、妈祖圣母遂暂且拜入阐教。
接引圣人阿弥陀佛此时收回天毒，将佛光重兴，但也不得不加紧提防蒙兀入侵。蒙兀虽未侵入天毒，却对南海暹罗等佛国虎视眈眈，早有侵袭之意。后土也奉天道旨意，平息人间四海纷争，扶立忽必烈为蒙兀大汗，称为元朝。又见蒙兀人已有灵智，且有佛、幽冥教徒，便有立巫教之意。
忽必烈得后土之助，灭亡中原北境蛮夷，入主中原，与偏安大宋对峙。忽必烈也从九黎密文中得到蚩尤的十二都天神煞术的修炼方法，欲聚其十二祖巫灵魂，却止有十一位祖巫真灵归位。天地之间，巫族除十二祖巫之外，只有大巫九凤一人拥有元神。后土遂发命至地仙界北俱芦洲，令大巫九凤献出元神，以助同胞巫族雪洗前耻，过完开皇大劫，作天地主角。