怒斥了诸将的骄矜之心之后，李自成正式做出东征灭明的战略部署：
李自成自领一路大军，率领刘宗敏，李过等将领自西安出发，经潼关东出进入山西，在李自成的预想中，这一路将是最艰难的一路；
另一路大军由刘芳亮，袁宗第率领，进入河南，准备进军山东，阻断北京和南方的联系，另外，李自成还派出贺珍率兵南下汉中，防止张献忠浑水摸鱼。
做好军事准备之后，李自成随即令李岩，牛金星撰写讨明檄文：
“自古帝王兴废，民兆于心。嗟尔明朝，大数已终。严刑重敛，民不堪命。诞我圣主，体仁好生。义旗一举，海宇归心。渡河南而削平豫楚，入关西而席卷三秦。安官抚民，设将防边，大业已定。天可怜见大明兵民，久困汤火，不忍坐视，故天降我主，解民于水火，故君等当顺天惜民，审时度势，献城纳印，早图爵禄。如执迷相拒，许尔绅民缚献，不惟倍赏，且保各处生灵。如官民共抗，兵至城破，玉石不分，悔之何及！”
李自成看过檄文之后觉得没有什么问题便批了一个“可”，随即顺军诸部在西安誓师祭天，顺军浩浩荡荡从西安出发，向着京师进发。
与此同时，北京的明廷磨蹭良久却没商量出个所以然来：
在先前崇祯帝发出诏书要求进击李自成的三部人马之中，左良玉最为跋扈：
左良玉直接以防范李自成南下江南为由拒绝了朝廷的征召。
山东的刘泽清倒是奉命了，但他走了不到百里路就派人急匆匆向朝廷发来文书声称他在行军路上战马突然马失前蹄导致摔断了腿，无法指挥军队，因此不得不将进军时间往后大幅度拖延。。
至于唐通和白广恩两人，这两人走了半天愣是没有走出自家辖区，仿佛是乌龟在行军一般。
这下子崇祯帝终于看清楚了：
合着这群人没有一个是真的有心来打仗的！
没办法，崇祯帝终于想起了陈新甲的建议，他这次直接甩出了大手笔：
崇祯帝下旨晋升李子明为河南，山东，北直隶，陕西，山西五省总理，总览五省军务，五省总督、巡抚均需向其负责，并且封辽阳侯，赐尚方宝剑；吴三桂晋升为辽东总督，封宁远伯，着令两人即刻领辽兵入关剿贼。
崇祯帝下令草拟诏书之后王承恩来报左中允李明睿求见，崇祯帝有些奇怪，李明睿算是一个掮客，有些话作为缓冲必须由他向皇帝说明，他现在突然求见，一定是有什么官员想说些什么。
于是崇祯帝同意了李明睿的觐见，而李明睿一见到崇祯帝便立刻说道：
“陛下，闯贼来势汹汹，各地援军需要时间才能集结，为免出现最坏情况，臣恳请陛下南幸，待诸军剿灭闯贼，再行北上。”
崇祯帝闻言愣了半晌，他没想到李明睿居然说的是这件事！
过了半晌，崇祯帝露出了犹豫的神色，说道，“朕在北京，北方诸军尚且跋扈难调，若朕南幸，北方诸军若投敌，何如？”
李明睿说道，“大明尚在，诸军能投敌者不过山西兵而已，臣已探知，辽东银钱十之六七来自南方，陛下南幸，能更好地掌控东南，掌控东南的话，李子明必不会反，李子明在则辽兵尚在，闯贼断然不能全取北方。”
崇祯帝听了李明睿的话之后沉默了一阵，接着他说道，“除了你，还有谁是这么想的？”
李明睿说道，“南幸之意正是左都御史李邦华告诉臣的，另外，户部尚书倪元璐，户部侍郎蒋臣，兵部尚书陈新甲皆赞同陛下南幸。”
崇祯帝听罢叹了口气，说道，“不够呀。”
李明睿顿时大急，说道，“陛下，须知天命微密，当内断圣心，此事陛下乾纲独断即可，何必顾虑群臣。”
崇祯帝最终没有做出表态，李明睿顿感无奈，只得和崇祯帝表示他会和李邦华一起在朝会上提出南迁的方案。
次日，崇祯帝随即召开朝会，讨论如何应对来势汹汹的大顺军：
李邦华当即出列说道，“闯贼来势汹汹，山西必不可守，山西一失，则大同宣府亦难保，大同宣府不保，则京师危矣，为天下计，臣恳请陛下南幸南直隶，待辽兵入关击退闯贼再做他算。”
李邦华话刚说完，兵科给事中光时亨立刻说道，“昔日瓦剌围京师，奸臣欲令帝难逃，于少保言【欲南逃者皆国贼也】，李御史，你身为左都御史，竟欲使陛下南逃，是何居心？”
李邦华大怒，光时亨偷换概念，把南迁说成了南逃，他说道，“是南幸不是南逃，当此时，陛下安危……”
光时亨打断了李邦华的话，说道，“陛下若走，北方军民必乱，则半壁江山不复我大明所有，李御史你这是收了李自成五十万两银子？”
李邦华气得说不出话来，大学生陈演，魏德藻也出列说道，
“陛下，此时断不能南迁，若是陛下南下，北方官军必蜂拥降贼，南方官军战力远不如北方，若闯贼携北方叛军南下，那我大明才是真的完了！”